2026/05/09 更新

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タナカ　トモキ
田中　友樹
TANAKA Tomoki
所属
理工学研究科 総合理工学専攻 院生（後期課程）
職名
院生（後期課程）
外部リンク

研究キーワード

  • 大規模言語モデル

  • リポソーム

  • 機械学習

  • バクテリオファージ

  • 人工ファージ

  • 微生物菌叢改変

研究分野

  • ライフサイエンス / 応用微生物学  / バクテリオファージ

  • ライフサイエンス / 応用微生物学  / 合成生物学

学歴

  • 関西大学大学院   理工学研究科   化学生命工学専攻

    2023年4月 - 2025年3月

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    国名： 日本国

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  • 関西   化学生命工学部   生命・生物工学科

    2019年4月 - 2023年3月

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    国名： 日本国

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  • 関西大学大学院   理工学研究科   総合理工学専攻

    2025年4月

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    国名： 日本国

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経歴

  • 日本学術振興会特別研究員 (DC2)

    2026年4月 - 現在

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  • 関西大学大学院博士課程後期課程理工学研究科総合理工学専攻

    2025年4月 - 現在

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  • 関西大学大学院博士課程前期課程理工学研究科化学生命工学専攻

    2023年4月 - 2025年3月

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  • 関西大学化学生命工学部生命・生物工学科

    2019年4月 - 2023年3月

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所属学協会

委員歴

  • 日本ファージ若手会   第4回若手研究集会, 代表世話人  

    2025年12月 - 現在   

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  • 日本生物工学会   生物工学若手研究者の集い (若手会) 夏のセミナー, 実行委員  

    2025年10月 - 現在   

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  • 日本ファージ若手会   第3回若手研究集会, 世話人  

    2024年9月 - 2025年11月   

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論文

  • Complete genome sequence of Paraburkholderia terrae strain KU-46, a 2,4-dinitrophenol-degrading bacterium. 国際誌

    Tomoki Tanaka, Kenji Okano, Hiroaki Iwaki

    Microbiology resource announcements   13 ( 6 )   e0028224   2024年6月

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    Paraburkholderia terrae strain KU-46 has been studied for its capability to degrade 2,4-dinitrophenol. Here, we present the complete 10,833,180bp genome of this microorganism, comprising five circular chromosomes housing 9,797 protein-coding sequences. The genes responsible for 2,4-dinitrophenol and 4-nitrophenol degradation are located on chromosome 2.

    DOI： 10.1128/mra.00282-24

    PubMed

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  • Precise microbiome engineering using natural and synthetic bacteriophages targeting an artificial bacterial consortium. 国際誌

    Tomoki Tanaka, Ryoga Sugiyama, Yu Sato, Manami Kawaguchi, Kohsuke Honda, Hiroaki Iwaki, Kenji Okano

    Frontiers in microbiology   15   1403903 - 1403903   2024年

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    記述言語：英語   掲載種別：研究論文（学術雑誌）  

    In natural microbiomes, microorganisms interact with each other and exhibit diverse functions. Microbiome engineering, which enables bacterial knockdown, is a promising method to elucidate the functions of targeted bacteria in microbiomes. However, few methods to selectively kill target microorganisms in the microbiome without affecting the growth of nontarget microorganisms are available. In this study, we focused on the host-specific lytic ability of virulent phages and validated their potency for precise microbiome engineering. In an artificial microbiome consisting of Escherichia coli, Pseudomonas putida, Bacillus subtilis, and Lactiplantibacillus plantarum, the addition of bacteriophages infecting their respective host strains specifically reduced the number of these bacteria more than 102 orders. Remarkably, the reduction in target bacteria did not affect the growth of nontarget bacteria, indicating that bacteriophages were effective tools for precise microbiome engineering. Moreover, a virulent derivative of the λ phage was synthesized from prophage DNA in the genome of λ lysogen by in vivo DNA assembly and phage-rebooting techniques, and E. coli-targeted microbiome engineering was achieved. These results propose a novel approach for precise microbiome engineering using bacteriophages, in which virulent phages are synthesized from prophage DNA in lysogenic strains without isolating phages from environmental samples.

    DOI： 10.3389/fmicb.2024.1403903

    PubMed

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講演・口頭発表等

  • 菌叢機能制御に向けたバクテリオファージの種特異的な菌叢改変ツールとしての有効性の検証

    田中友樹, 吉村友希, 岩木宏明, 岡野憲司

    日本乳酸菌学会2025年度大会  2025年7月 

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    開催年月日： 2025年7月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 微生物菌叢の機能制御に向けたバクテリオファージによる種特異的菌叢改変

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    化学工学会第90年会  2025年3月 

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    開催年月日： 2025年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Precise microbiome engineering using natural and synthetic bacteriophage targeting an artificial bacterial consortium

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    The 29th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community  2024年10月 

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    開催年月日： 2024年10月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • 菌叢機能制御に向けた天然及び人工バクテリオファージによる菌叢改変技術の開発

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    ファージ研究会・ 日本ファージセラピー研究会 2024年度合同研究集会  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 菌叢機能制御に向けた天然及び人工バクテリオファージによる菌叢改変技術の開発

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    第2回ファージ若手会  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 菌叢機能制御に向けたバクテリオファージによる菌叢改変技術の開発

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    第76回日本生物工学会大会  2024年9月 

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    開催年月日： 2024年9月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • 天然および人工バクテリオファージを用いた菌叢改変技術の開発

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    2024年度生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2024  2024年7月 

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    開催年月日： 2024年7月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • 天然および人工バクテリオファージを用いた菌叢改変

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    2024年度日本乳酸菌学会泊まり込みセミナー  2024年5月 

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    開催年月日： 2024年5月

    記述言語：日本語   会議種別：口頭発表（一般）  

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  • バクテリオファージの微生物菌叢改変ツールとしての有効性検証

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    化学工学会第89年会  2024年3月 

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    開催年月日： 2024年3月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Subtractive modification of microbiota using bacteriophage

    田中友樹, 岩木宏明, 岡野憲司

    The 28th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community  2023年7月 

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    開催年月日： 2023年7月

    記述言語：英語   会議種別：ポスター発表  

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  • バクテリオファージを用いた微生物菌叢改変技術の開発

    田中友樹, 岩木宏明, 岡野憲司

    日本乳酸菌学会2023年度大会  2023年7月 

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    開催年月日： 2023年7月

    記述言語：日本語   会議種別：ポスター発表  

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  • Species-specific microbiome engineering using bacteriophages To control the function of microbiomes

    Tomoki Tanaka, Ryota Ueki, Shizuka Kawakami, Hiroaki Iwaki, Kenji Okano

    30th Symposium for Young Asian Biological Engineers’ community  2025年11月 

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  • Precise microbiome engineering at the species level using bacteriophages to control the function of microbiomes

    田中友樹, 植木亮多, 川上静香, 岩木宏明, 岡野憲司

    第5回日本ファージセラピー研究会研究集会  2025年11月 

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  • Precise microbiome engineering at the species level using bacteriophages to control the function of microbiomes

    田中友樹, 植木亮多, 川上静香, 岩木宏明, 岡野憲司

    日本ファージ若手会第３回若手研究集会  2025年11月 

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  • 菌叢機能制御に向けたバクテリオファージによる種特異的な菌叢改変技術の確立

    田中友樹, 岩木宏明, 岡野憲司

    第77回日本生物工学会大会  2025年9月 

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  • バクテリオファージの微生物菌叢改変ツールとしての有効性検証

    田中友樹, 杉山涼雅, 川口愛未, 岩木宏明, 岡野憲司

    第3回ファージセラピー研究集会  2023年9月 

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受賞

  • 学長奨励賞

    2026年3月   関西大学  

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  • Poster Award

    2025年11月   The 30th Symposium of Young Asian Biological Engineers’ Community   Species-specific microbiome engineering using bacteriophages To control the function of microbiomes

    Tomoki Tanaka

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  • 学生優秀発表賞

    2025年10月   第77回日本生物工学会大会   菌叢機能制御に向けたバクテリオファージによる種特異的な菌叢改変技術の確立

    田中友樹

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  • 飛翔賞

    2025年9月   日本生物工学会  

    田中友樹

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  • 優秀発表賞

    2025年7月   日本乳酸菌学会2025年度大会   菌叢機能制御に向けたバクテリオファージの種特異的な菌叢改変ツールとしての有効性の検証

    田中友樹

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  • 優秀学生賞

    2025年3月   化学工学会第90年会   微生物菌叢の機能制御に向けたバクテリオファージによる種特異的菌叢改変

    田中友樹

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  • 紫紺賞

    2025年3月   関西大学  

    田中友樹

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  • 学生最優秀賞

    2025年1月   日本生物工学会関西支部   腸内細菌叢の機能制御に向けた 人工ファージによる菌叢改変技術の確立

    田中友樹

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  • 学生優秀発表賞

    2024年9月   第76回日本生物工学会大会   菌叢機能制御に向けたバクテリオファージによる菌叢改変技術の開発

    田中友樹

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  • 優秀口頭発表賞

    2024年9月   第2回ファージ若手会   菌叢機能制御に向けた天然及び人工バクテリオファージによる菌叢改変技術の開発

    田中友樹

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  • 優秀賞

    2024年7月   2024年度生物工学若手研究者の集い（若手会）夏のセミナー2024   天然および人工バクテリオファージを用いた菌叢改変技術の開発

    田中友樹

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  • 学生奨励賞

    2024年3月   化学工学会第89年会   バクテリオファージの微生物菌叢改変ツールとしての有効性検証

    田中友樹

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