2024/04/23 更新

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ヤマナカ カズヤ
山中 一也
YAMANAKA,Kazuya
所属
化学生命工学部 教授
職名
教授
外部リンク

学位

  • 博士(生物資源学) ( 福井県立大学 )

研究分野

  • ライフサイエンス / 応用微生物学

学歴

  • 論文博士/福井県立大学大学院   生物資源学研究科   生物資源学専攻

    - 2011年3月

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  • 関西大学大学院   工学研究科   生物工学専攻

    1999年4月 - 2001年3月

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  • 関西大学   工学部   生物工学科

    1996年4月 - 1999年3月

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経歴

  • 関西大学 化学生命工学部   教授

    2023年4月 - 現在

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  • 関西大学   化学生命工学部   准教授

    2015年4月 - 現在

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  • JNC株式会社   横浜研究所   主任研究員

    2013年7月 - 2015年3月

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  • 米国カリフォルニア大学サンディエゴ校   スクリプス海洋研究所   博士研究員

    2010年7月 - 2013年6月

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  • チッソ株式会社(現JNC株式会社)   横浜研究所   主任研究員

    2009年4月 - 2010年6月

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  • チッソ株式会社(現JNC株式会社)   横浜研究所   研究員

    2002年4月 - 2009年3月

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所属学協会

委員歴

  • 日本生物工学会   英文誌編集委員  

    2019年6月 - 2023年5月   

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    団体区分:学協会

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論文

  • Constitutive and high gene expression in the diaminopimelate pathway accelerates ε-poly-L-lysine production in Streptomyces albulus. 査読 国際誌

    Fumihito Hasebe, Kazuya Adachi, Kazuya Yamanaka, Tadao Oikawa, Chitose Maruyama, Yoshimitsu Hamano

    The Journal of antibiotics   76 ( 9 )   522 - 531   2023年6月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Streptomyces albulus NBRC14147 produces a homopoly(amino acid), ε-poly-L-lysine (ε-PL). Due to its antibiotic activity, thermostability, biodegradability, and non-toxicity to humans, ε-PL is used as a food preservative. In this study, homology searches of diaminopimelate (DAP) pathway genes (dapB and dapE), in an S. albulus genome database, were shown to encode predicted enzymes using dapB or dapE in Escherichia coli strain complementation assays. We observed that dapB and dapE transcriptional levels were weak during ε-PL production stages. Therefore, we strengthened this expression using an ermE constitutive promoter. Engineered strains generated faster growth and ε-PL production rates when compared with the control strain. Moreover, maximum ε-PL yields in S. albulus, where dapB was constitutively expressed, were approximately 14% higher when compared with the control strain. These findings showed that enhanced lysine biosynthetic gene expression generated faster and higher ε-PL production levels.

    DOI: 10.1038/s41429-023-00636-9

    PubMed

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  • First direct evidence for direct cell-membrane penetrations of polycationic homopoly(amino acid)s produced by bacteria 査読

    Yamato Takeuchi, Kazunori Ushimaru, Kohei Kaneda, Chitose Maruyama, Takashi Ito, Kazuya Yamanaka, Yasushi Ogasawara, Hajime Katano, Yasuo Kato, Tohru Dairi, Yoshimitsu Hamano

    Communications Biology   5 ( 1 )   2022年10月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media LLC  

    Abstract

    Bacteria produce polycationic homopoly(amino acid)s, which are characterized by isopeptide backbones. Although the biological significance of polycationic homopoly(amino acid)s remains unclear, increasing attention has recently been focused on their potential use to achieve cellular internalization. Here, for the first time, we provide direct evidence that two representative bacterial polycationic isopeptides, ε-poly-l-α-lysine (ε-PαL) and ε-oligo-l-β-lysine (ε-OβL), were internalized into mammalian cells by direct cell-membrane penetration and then diffused throughout the cytosol. In this study, we used clickable ε-PαL and ε-OβL derivatives carrying a C-terminal azide group, which were enzymatically produced and then conjugated with a fluorescent dye to analyze subcellular localization. Interestingly, fluorescent proteins conjugated with the clickable ε-PαL or ε-OβL were also internalized into cells and diffused throughout the cytosol. Notably, a Cre recombinase conjugate with ε-PαL entered cells and mediated the Cre/loxP recombination, and ε-PαL was found to deliver a full-length IgG antibody to the cytosol and nucleus.

    DOI: 10.1038/s42003-022-04110-4

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    その他リンク: https://www.nature.com/articles/s42003-022-04110-4

  • Crystal structure of the adenylation domain from an ε-poly-l-lysine synthetase provides molecular mechanism for substrate specificity 査読

    Takaki Okamoto, Kazuya Yamanaka, Yoshimitsu Hamano, Shingo Nagano, Tomoya Hino

    Biochemical and Biophysical Research Communications   596   43 - 48   2022年3月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Elsevier {BV}  

    DOI: 10.1016/j.bbrc.2022.01.053

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  • First enzymological characterization of selenocysteine β-lyase from a lactic acid bacterium, Leuconostoc mesenteroides 査読

    Tadao Oikawa, Kouhei Okajima, Kazuya Yamanaka, Shiro Kato

    Amino Acids   2022年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media {LLC}  

    DOI: 10.1007/s00726-022-03133-9

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  • Discovery of a Polyamino Acid Antibiotic Solely Comprising l-β-Lysine by Potential Producer Prioritization-Guided Genome Mining 査読

    Kazuya Yamanaka, Hibiki Fukumoto, Naoki Yoshimura, Kenji Arakawa, Yasuo Kato, Yoshimitsu Hamano, Tadao Oikawa

    ACS Chemical Biology   17 ( 1 )   171 - 180   2021年12月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:American Chemical Society ({ACS})  

    DOI: 10.1021/acschembio.1c00832

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  • Molecular and Mechanistic Characterization of PddB, the First PLP-Independent 2,4-Diaminobutyric Acid Racemase Discovered in an Actinobacterial D-Amino Acid Homopolymer Biosynthesis 査読 国際誌

    Kazuya Yamanaka, Ryo Ozaki, Yoshimitsu Hamano, Tadao Oikawa

    Frontiers in Microbiology   12   686023 - 686023   2021年6月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Frontiers Media {SA}  

    <jats:p>We recently disclosed that the biosynthesis of antiviral γ-poly-D-2,4-diaminobutyric acid (poly-D-Dab) in <jats:italic>Streptoalloteichus hindustanus</jats:italic> involves an unprecedented cofactor independent stereoinversion of Dab catalyzed by PddB, which shows weak homology to diaminopimelate epimerase (DapF). Enzymological properties and mechanistic details of this enzyme, however, had remained to be elucidated. Here, through a series of biochemical characterizations, structural modeling, and site-directed mutageneses, we fully illustrate the first Dab-specific PLP-independent racemase PddB and further provide an insight into its evolution. The activity of the recombinant PddB was shown to be optimal around pH 8.5, and its other fundamental properties resembled those of typical PLP-independent racemases/epimerases. The enzyme catalyzed Dab specific stereoinversion with a calculated equilibrium constant of nearly unity, demonstrating that the reaction catalyzed by PddB is indeed racemization. Its activity was inhibited upon incubation with sulfhydryl reagents, and the site-directed substitution of two putative catalytic Cys residues led to the abolishment of the activity. These observations provided critical evidence that PddB employs the thiolate-thiol pair to catalyze interconversion of Dab isomers. Despite the low levels of sequence similarity, a phylogenetic analysis of PddB indicated its particular relevance to DapF among PLP-independent racemases/epimerases. Secondary structure prediction and 3D structural modeling of PddB revealed its remarkable conformational analogy to DapF, which in turn allowed us to predict amino acid residues potentially responsible for the discrimination of structural difference between diaminopimelate and its specific substrate, Dab. Further, PddB homologs which seemed to be narrowly distributed only in actinobacterial kingdom were constantly encoded adjacent to the putative poly-D-Dab synthetase gene. These observations strongly suggested that PddB could have evolved from the primary metabolic DapF in order to organize the biosynthesis pathway for the particular secondary metabolite, poly-D-Dab. The present study is on the first molecular characterization of PLP-independent Dab racemase and provides insights that could contribute to further discovery of unprecedented PLP-independent racemases.</jats:p>

    DOI: 10.3389/fmicb.2021.686023

    PubMed

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  • Characterization of an L-α,β-diaminopropionic acid polymer with comb-like structure isolated from a poly(ε-L-lysine)-producing Streptomyces sp. 査読 国際誌

    Munenori Takehara, Masayuki Saimura, Haruka Inaba, Yoshinao Kato, Shogo Muro, Tatsuki Matsunaga, Kazuya Yamanaka

    Applied microbiology and biotechnology   105 ( 8 )   3145 - 3157   2021年4月

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    担当区分:最終著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Springer Science and Business Media {LLC}  

    Polymers of basic amino acids function as polycationic compounds under physiological conditions and exhibit intriguing biological properties, such as antimicrobial and antiviral activities, immunopotentiating ability, and DNA-binding activity. Poly(ε-L-lysine) (ε-PL) produced by some strains of Streptomyces spp. is a cationic homopolymer of L-lysine linking between ε-amino and α-carboxylic acid functional groups and has been used as a food preservative based on its biocompatibility and biodegradability. An ε-PL-producing strain of Streptomyces sp. USE-33 was found to secrete a novel polycationic substance into its culture broth along with ε-PL. High-performance liquid chromatography analyses and one- and two-dimensional 1H and 13C nuclear magnetic resonance (NMR) experiments, accompanied by NMR titration studies, revealed that the secreted substance was poly[β-(L-diaminopropionyl-L-diaminopropionic acid)], PAP, characterized by an isopeptide backbone linking between the β-amino and α-carboxylic acid groups of L-α,β-diaminopropionic acid (L-Dpr) with pendent L-Dpr residues. PAP had a molecular weight of 500 to 1400, and copolymers composed of the two amino acids L-Dpr and L-lysine were not detected in the producer strain USE-33. The strain coproduced high levels of the two poly(amino acid)s in the presence of glycerol, citrate, and ammonium sulfate at pH 4.0 in a two-stage cultivation procedure. PAP exhibited strong inhibitory activities against several yeasts and weaker activities against bacteria than ε-PL. PAP may share a number of biological functions with ε-PL, and the use of PAP along with ε-PL has potential as a specific and advanced material for technical applications in various fields.Key points• Novel cationic poly(amino acid) was found in an ε-PL-producing Streptomyces species.• The l-α,β-diaminopropionic acid polymer was characterized by a comb-like structure.• The novel poly(amino acid), PAP, exhibited antibacterial and antifungal activities.

    DOI: 10.1007/s00253-021-11257-3

    PubMed

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  • The Stereocontrolled Biosynthesis of Mirror-Symmetric 2,4-Diaminobutyric Acid Homopolymers Is Critically Governed by Adenylation Activations. 査読 国際誌

    Kazuya Yamanaka, Hibiki Fukumoto, Munenori Takehara, Yoshimitsu Hamano, Tadao Oikawa

    ACS chemical biology   2020年6月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    Among the four bioactive cationic homo-poly(amino acids) discovered in nature, two are mirror-image isomers of poly(2,4-diaminobutyric acid) (poly-Dab) whose biosynthesis has long been unexplained. Their structural analogy plausibly suggested that they could share a common biosynthetic pathway utilizing ε-poly(l-lysine) synthetase-like enzymology but with an unprecedented process for enantiomeric inversion of polymer building blocks. To investigate this possibility, we comparatively explored the biosynthesis of poly-l-Dab and its mirror-image isomer poly-d-Dab in Streptomyces celluloflavus USE31 and Streptoalloteichus hindustanus NBRC15115, respectively, through genome mining, genetic inactivation, and heterologous expression combined with biochemical assays. While they shared the same biosynthetic pathway, the poly-d-Dab biosynthetic gene cluster additionally harbored the racemase gene. The critical finding that poly-d-Dab synthetase, in contrast to the synthetase generating the l-isomer, selectively activated d-Dab through adenylation conclusively demonstrated that free diffusible d-Dab preactivationally generated by the racemase is directly activated to be incorporated into the polymer. Our study thus represents the first demonstration of the stereoselective biosynthesis of a nonribosomal peptide governed by adenylation activity for a d-amino acid other than alanine. In silico sequence comparison between poly-Dab synthetases allowed us to identify amino acid residues potentially responsible for the discrimination of Dab enantiomers. Our results will provide significant insight not only for the future discovery of novel bioactive cationic poly(amino acids) but also for the creation of designer nonribosomal peptides with d-configuration.

    DOI: 10.1021/acschembio.0c00321

    PubMed

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  • Enhancement of metabolic flux toward ε-poly-l-lysine biosynthesis by targeted inactivation of concomitant polyene macrolide biosynthesis in Streptomyces albulus. 査読

    Kazuya Yamanaka, Yoshimitsu Hamano, Tadao Oikawa

    Journal of bioscience and bioengineering   2020年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    ε-Poly-l-lysine (ε-PL) produced as a secondary metabolite of Streptomyces albulus has long been used as a natural food preservative in a number of countries, including Japan, the United States, South Korea, and China. To date, numerous studies employing classical biotechnological approaches have been carried out to improve its productivity. Here we report a modern and rational genetic approach to enhancing metabolic flux toward ε-PL biosynthesis. Based on in silico genome analyses, we revealed that S. albulus NBRC14147 produces five antifungal polyene antibiotics-tetramycin A and B, tetrin A and B, and a trace amount of nystatin A1-concomitantly with antimicrobial ε-PL. Targeted inactivation of the biosynthetic gene cluster for tetramycins and tetrins in a nystatin A1 production-deficient mutant completely abolished the production of polyene macrolides, which in turn led to an approximately 20% improvement in ε-PL production that closely correlated with the polyene defects. The biosynthetic flux for ε-PL was thus successfully enhanced by inactivation of the concomitant secondary metabolite biosynthetic pathways. Since this elimination of concomitantly produced metabolites also allows for simpler purification after fermentation production of ε-PL, the rational strain engineering strategy we show here will improve its industrial production.

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2019.12.002

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  • Draft Genome Sequence of the Most Traditional ε-Poly-l-Lysine Producer, Streptomyces albulus NBRC14147. 査読 国際誌

    Yamanaka K, Hamano Y

    Microbiology resource announcements   8 ( 4 )   2019年1月

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    担当区分:筆頭著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1128/MRA.01515-18

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  • Direct cloning and heterologous expression of natural product biosynthetic gene clusters by transformation-associated recombination. 査読 国際誌

    Jia Jia Zhang, Kazuya Yamanaka, Xiaoyu Tang, Bradley S Moore

    Methods in enzymology   621   87 - 110   2019年

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    記述言語:英語  

    Heterologous expression of natural product biosynthetic gene clusters (BGCs) is a robust approach not only to decipher biosynthetic logic behind natural product (NP) biosynthesis, but also to discover new chemicals from uncharacterized BGCs. This approach largely relies on techniques used for cloning large BGCs into suitable expression vectors. Recently, several whole-pathway direct cloning approaches, including full-length RecE-mediated recombination in Escherichia coli, Cas9-assisted in vitro assembly, and transformation-associated recombination (TAR) in Saccharomyces cerevisiae, have been developed to accelerate BGC isolation. In this chapter, we summarize a protocol for TAR cloning large NP BGCs, detailing the process of choosing TAR plasmids, designing pathway-specific TAR vectors, generating yeast spheroplasts, performing yeast transformation, and heterologously expressing BGCs in various host strains. We believe that the established platforms can accelerate the process of discovering new NPs, understanding NP biosynthetic logic, and engineering biosynthetic pathways.

    DOI: 10.1016/bs.mie.2019.02.026

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  • Isolation and structure elucidation of lipopeptide antibiotic taromycin B from the activated taromycin biosynthetic gene cluster 査読

    Kirk A. Reynolds, Hanna Luhavaya, Jie Li, Samira Dahesh, Victor Nizet, Kazuya Yamanaka, Bradley S. Moore

    Journal of Antibiotics   71 ( 2 )   333 - 338   2018年2月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:Nature Publishing Group  

    In the ongoing effort to unlock the chemical potential of marine bacteria, genetic engineering of biosynthetic gene clusters (BGCs) is increasingly used to awake or improve expression of biosynthetic genes that may lead to discovery of novel bioactive natural products. Previously, we reported the successful capture, engineering and heterologous expression of an orphan BGC from the marine actinomycete Saccharomonospora sp. CNQ-490, which resulted in the isolation of the novel lipopeptide antibiotic taromycin A. Herein we report the isolation and structure elucidation of taromycin B, the second most abundant product of the taromycin biosynthetic series, and show that taromycins A and B exhibit complex chromatographic properties indicative of interconverting conformations. Taromycins A and B display potent activity against methicillin-resistant Staphylococcus aureus and vancomycin-resistant Enterococcus faecium clinical isolates, suggestive that the taromycin molecular scaffold is a promising starting point for further derivatization to produce compounds with promising antibiotic characteristics.

    DOI: 10.1038/ja.2017.146

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  • A Peptidyl-Transesterifying Type I Thioesterase in Salinamide Biosynthesis. 査読

    Ray L, Yamanaka K, Moore BS

    Angewandte Chemie (International ed. in English)   55 ( 1 )   364 - 367   2016年1月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1002/anie.201508576

    Web of Science

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  • Heterologous Production of Hyaluronic Acid in an ε-Poly-L-Lysine Producer, Streptomyces albulus. 査読

    Yoshimura T, Shibata N, Hamano Y, Yamanaka K

    Applied and environmental microbiology   81 ( 11 )   3631 - 3640   2015年6月

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    担当区分:最終著者, 責任著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1128/AEM.00269-15

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  • Directed natural product biosynthesis gene cluster capture and expression in the model bacterium Bacillus subtilis 査読

    Yongxin Li, Zhongrui Li, Kazuya Yamanaka, Ying Xu, Weipeng Zhang, Hera Vlamakis, Roberto Kolter, Bradley S. Moore, Pei-Yuan Qian

    SCIENTIFIC REPORTS   5   9383   2015年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    Bacilli are ubiquitous low G+C environmental Gram-positive bacteria that produce a wide assortment of specialized small molecules. Although their natural product biosynthetic potential is high, robust molecular tools to support the heterologous expression of large biosynthetic gene clusters in Bacillus hosts are rare. Herein we adapt transformation-associated recombination (TAR) in yeast to design a single genomic capture and expression vector for antibiotic production in Bacillus subtilis. After validating this direct cloning "plug-and-play'' approach with surfactin, we genetically interrogated amicoumacin biosynthetic gene cluster from the marine isolate Bacillus subtilis 1779. Its heterologous expression allowed us to explore an unusual maturation process involving the N-acyl-asparagine pro-drug intermediates preamicoumacins, which are hydrolyzed by the asparagine-specific peptidase into the active component amicoumacin A. This work represents the first direct cloning based heterologous expression of natural products in the model organism B. subtilis and paves the way to the development of future genome mining efforts in this genus.

    DOI: 10.1038/srep09383

    Web of Science

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  • ε-Poly-L-lysine peptide chain length regulated by the linkers connecting the transmembrane domains of ε-Poly-L-lysine synthetase. 査読

    Hamano Y, Kito N, Kita A, Imokawa Y, Yamanaka K, Maruyama C, Katano H

    Applied and environmental microbiology   80 ( 16 )   4993 - 5000   2014年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1128/AEM.01201-14

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  • Biosynthesis of polybrominated aromatic organic compounds by marine bacteria 査読

    Vinayak Agarwal, Abrahim A. El Gamal, Kazuya Yamanaka, Dennis Poth, Roland D. Kersten, Michelle Schorn, Eric E. Allen, Bradley S. Moore

    NATURE CHEMICAL BIOLOGY   10 ( 8 )   640 - U182   2014年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    Polybrominated diphenyl ethers (PBDEs) and polybrominated bipyrroles are natural products that bioaccumulate in the marine food chain. PBDEs have attracted widespread attention because of their persistence in the environment and potential toxicity to humans. However, the natural origins of PBDE biosynthesis are not known. Here we report marine bacteria as producers of PBDEs and establish a genetic and molecular foundation for their production that unifies paradigms for the elaboration of bromophenols and bromopyrroles abundant in marine biota. We provide biochemical evidence of marine brominases revealing decarboxylative-halogenation enzymology previously unknown among halogenating enzymes. Biosynthetic motifs discovered in our study were used to mine sequence databases to discover unrealized marine bacterial producers of organobromine compounds.

    DOI: 10.1038/nchembio.1564

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  • Direct cloning and refactoring of a silent lipopeptide biosynthetic gene cluster yields the antibiotic taromycin A 査読

    Kazuya Yamanaka, Kirk A. Reynolds, Roland D. Kersten, Katherine S. Ryan, David J. Gonzalez, Victor Nizet, Pieter C. Dorrestein, Bradley S. Moore

    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA   111 ( 5 )   1957 - 1962   2014年2月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATL ACAD SCIENCES  

    Recent developments in next-generation sequencing technologies have brought recognition of microbial genomes as a rich resource for novel natural product discovery. However, owing to the scarcity of efficient procedures to connect genes to molecules, only a small fraction of secondary metabolomes have been investigated to date. Transformation-associated recombination (TAR) cloning takes advantage of the natural in vivo homologous recombination of Saccharomyces cerevisiae to directly capture large genomic loci. Here we report a TAR-based genetic platform that allows us to directly clone, refactor, and heterologously express a silent biosynthetic pathway to yield a new antibiotic. With this method, which involves regulatory gene remodeling, we successfully expressed a 67-kb nonribosomal peptide synthetase biosynthetic gene cluster from the marine actinomycete Saccharomonospora sp. CNQ-490 and produced the dichlorinated lipopeptide antibiotic taromycin A in the model expression host Streptomyces coelicolor. The taromycin gene cluster (tar) is highly similar to the clinically approved antibiotic daptomycin from Streptomyces roseosporus, but has notable structural differences in three amino acid residues and the lipid side chain. With the activation of the tar gene cluster and production of taromycin A, this study highlights a unique "plug-and-play" approach to efficiently gaining access to orphan pathways that may open avenues for novel natural product discoveries and drug development.

    DOI: 10.1073/pnas.1319584111

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  • Mutational analysis of the three tandem domains of ε-poly-L-lysine synthetase catalyzing the L-lysine polymerization reaction. 査読

    Kito N, Maruyama C, Yamanaka K, Imokawa Y, Utagawa T, Hamano Y

    Journal of bioscience and bioengineering   115 ( 5 )   523 - 526   2013年5月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2012.11.020

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  • Structures and Comparative Characterization of Biosynthetic Gene Clusters for Cyanosporasides, Enediyne-Derived Natural Products from Marine Actinomycetes 査読

    Amy L. Lane, Sang-Jip Nam, Takashi Fukuda, Kazuya Yamanaka, Christopher A. Kauffman, Paul R. Jensen, William Fenical, Bradley S. Moore

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   135 ( 11 )   4171 - 4174   2013年3月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Cyanosporasides are marine bacterial natural products containing a chlorinated cyclopenta[a]indene core of suspected enediyne polyketide biosynthetic origin. Herein, we report the isolation and characterization of novel cyanosporasides C-F (3-6) from the marine actinomycetes Salinispora pacifica CNS-143 and Streptomyces sp. CNT-179, highlighted by the unprecedented C-2' N-acetylcysteamine functionalized hexose group of 6. Cloning, sequencing, and mutagenesis of homologous similar to 50 kb cyanosporaside biosynthetic gene clusters from both bacteria afforded the first genetic evidence supporting cyanosporaside's enediyne, and thereby p-benzyne biradical, biosynthetic origin and revealed the molecular basis for nitrile and glycosyl functionalization. This study provides new opportunities for bioengineering of enediyne derivatives and expands the structural diversity afforded by enediyne gene clusters.

    DOI: 10.1021/ja311065v

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  • Flavoenzyme-Catalyzed Atropo-Selective N,C-Bipyrrole Homocoupling in Marinopyrrole Biosynthesis 査読

    Kazuya Yamanaka, Katherine S. Ryan, Tobias A. M. Gulder, Chambers C. Hughes, Bradley S. Moore

    JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY   134 ( 30 )   12434 - 12437   2012年8月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER CHEMICAL SOC  

    Axially chiral biaryl compounds are frequently encountered in nature where they exhibit diverse biological properties. Many are biphenols that have C-C or C-O linkages installed by cytochrome P450 oxygenases that control the regio- and stereoselectivity of the intermolecular coupling reaction. In contrast, bipyrrole-coupling enzymology has not been observed. Marinopyrroles, produced by a marine-derived streptomycete, are the first 1,3'-bipyrrole natural products. On the basis of marinopyrrole's unusual bipyrrole structure, we explored its atropo-selective biosynthesis in Streptomyces sp. CNQ-418 in order to elucidate the N,C-bipyrrole homocoupling enzymology. Through a series of genetic experiments involving the discovery and heterologous expression of marinopyrrole biosynthesis genes, we report that two flavin-dependent halogenases catalyze the unprecedented homocoupling reaction.

    DOI: 10.1021/ja305670f

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  • Development of a recombinant ε-poly-L-lysine synthetase expression system to perform mutational analysis. 査読

    Yamanaka K, Kito N, Kita A, Imokawa Y, Maruyama C, Utagawa T, Hamano Y

    Journal of bioscience and bioengineering   111 ( 6 )   646 - 649   2011年6月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

    DOI: 10.1016/j.jbiosc.2011.01.020

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  • Mechanism of epsilon-Poly-L-Lysine Production and Accumulation Revealed by Identification and Analysis of an epsilon-Poly-L-Lysine-Degrading Enzyme 査読

    Kazuya Yamanaka, Naoko Kito, Yuuki Imokawa, Chitose Maruyama, Takashi Utagawa, Yoshimitsu Hamano

    APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY   76 ( 17 )   5669 - 5675   2010年9月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:AMER SOC MICROBIOLOGY  

    epsilon-Poly-L-lysine (epsilon-PL) is produced by Streptomyces albulus NBRC14147 as a secondary metabolite and can be detected only when the fermentation broth has an acidic pH during the stationary growth phase. Since strain NBRC14147 produces epsilon-PL-degrading enzymes, the original chain length of the epsilon-PL polymer product synthesized by epsilon-PL synthetase (Pls) is unclear. Here, we report on the identification of the gene encoding the epsilon-PL-degrading enzyme (PldII), which plays a central role in epsilon-PL degradation in this strain. A knockout mutant of the pldII gene was found to produce an epsilon-PL of unchanged polymer chain length, demonstrating that the length is not determined by epsilon-PL-degrading enzymes but rather by Pls itself and that the 25 to 35 L-lysine residues of epsilon-PL represent the original chain length of the polymer product synthesized by Pls in vivo. Transcriptional analysis of pls and a kinetic study of Pls further suggested that the Pls catalytic function is regulated by intracellular ATP, high levels of which are required for full enzymatic activity. Furthermore, it was found that acidic pH conditions during epsilon-PL fermentation, rather than the inhibition of the epsilon-PL-degrading enzyme, are necessary for the accumulation of intracellular ATP.

    DOI: 10.1128/AEM.00853-10

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  • Biotechnological Production of Poly-Epsilon-l-Lysine for Food and Medical Applications 査読

    Kazuya Yamanaka, Yoshimitsu Hamano

    Amino-Acid Homopolymers Occurring in Nature   61 - 75   2010年

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    担当区分:筆頭著者   掲載種別:論文集(書籍)内論文   出版者・発行元:Springer Berlin Heidelberg  

    DOI: 10.1007/978-3-642-12453-2_4

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  • [Highly unusual non-ribosomal peptide synthetase producing an amino-acid homopolymer]. 査読

    Hamano Y, Yamanaka K, Maruyama C, Takagi H

    Tanpakushitsu kakusan koso. Protein, nucleic acid, enzyme   54 ( 11 )   1382 - 1388   2009年9月

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    掲載種別:研究論文(学術雑誌)  

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  • epsilon-Poly-L-lysine dispersity is controlled by a highly unusual nonribosomal peptide synthetase 査読

    Kazuya Yamanaka, Chitose Maruyama, Hiroshi Takagi, Yoshimitsu Hamano

    NATURE CHEMICAL BIOLOGY   4 ( 12 )   766 - 772   2008年12月

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    担当区分:筆頭著者   記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:NATURE PUBLISHING GROUP  

    epsilon-Poly-L-lysine (epsilon-PL) consists of 25-35 L-lysine residues in isopeptide linkages and is one of only two amino acid homopolymers known in nature. Elucidating the biosynthetic mechanism of epsilon-PL should open new avenues for creating novel classes of biopolymers. Here we report the purification of an epsilon-PL synthetase (Pls; 130 kDa) and the cloning of its gene from an epsilon-PL-producing strain of Streptomyces albulus. Pls was found to be a membrane protein with adenylation and thiolation domains characteristic of the nonribosomal peptide synthetases (NRPSs). It had no traditional condensation or thioesterase domain; instead, it had six transmembrane domains surrounding three tandem soluble domains. These tandem domains iteratively catalyzed L-lysine polymerization using free L-lysine polymer (or monomer in the initial reaction) as acceptor and Pls-bound L-lysine as donor, directly yielding chains of diverse length. Thus, Pls is a new single-module NRPS having an amino acid ligase-like catalytic activity for peptide bond formation.

    DOI: 10.1038/nchembio.125

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  • Thermostable aldehyde dehydrogenase from psychrophile, Cytophaga sp KUC-1: enzymological characteristics and functional properties 査読

    Y Yamanaka, T Kazuoka, M Yoshida, K Yamanaka, T Oikawa, K Soda

    BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS   298 ( 5 )   632 - 637   2002年11月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE  

    We found the occurrence of NAD(P)(+)-dependent aldehyde dehydrogenase (EC1.2.1.5) in the cells of a psychrophile from Antarctic seawater, Cytophaga sp. KUC-1, and purified to homogeneity. About 50% of the enzyme activity remained even after heating at 50degreesC for 65 min and the highest activity was observed in the range of 55-60degreesC. The enzyme was thermostable and thermophilic, although it was derived from a psychrophile. The circular dichroism at 222 nm of the enzyme showed a peak at 32 degreesC. This temperature was closely similar to the transition temperature in the Arrhenius plots. The stereo specificity for the hydride transfer at C4-site of nicotinamide moiety of NADH was pro-R. The gene encoding the enzyme consisted of an open reading frame of 1506-bp encoding a protein of 501 amino acid residues. The significant sequence identity (61%) was found between the Cytophaga and the Pseudomonas aeruginosa enzymes, although their thermostabilities are completely different. (C) 2002 Elsevier Science (USA). All rights reserved.

    DOI: 10.1016/S0006-291X(02)02523-8

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  • Psychrophilic valine dehydrogenase of the antarctic psychrophile, Cytophaga sp KUC-1 - Purification, molecular characterization and expression 査読

    T Oikawa, K Yamanaka, T Kazuoka, N Kanzawa, K Soda

    EUROPEAN JOURNAL OF BIOCHEMISTRY   268 ( 16 )   4375 - 4383   2001年8月

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    記述言語:英語   掲載種別:研究論文(学術雑誌)   出版者・発行元:BLACKWELL SCIENCE LTD  

    We found the occurrence of valine dehydrogenase in the cell extract of a psychrophilic bacterium, Cytophaga sp. KUC-1, isolated from Antarctic seawater and purified the enzyme to homogeneity. The molecular mass of the enzyme was determined to be approximate to 154 kDa by gel filtration and that of the subunit was 43 kDa by SDS/PAGE: the enzyme was a homotetramer. The enzyme required NAD(+) as a coenzyme, and catalyzed the oxidative deamination of L-valine, L-isoleucine, L-leucine and the reductive amination of alpha -ketoisovalerate, alpha -ketovalerate, alpha -ketoisocaproate, and alpha -ketocaproate. The reaction proceeds through an iso-ordered bi-bi mechanism. The enzyme was highly susceptible to heat treatment and the half-life at 45 degreesC was estimated to be 2.4 min. The k(cat)/K-m (mu mu (-1).s(-1)) values for L-valine and NAD(+) at 20 degreesC were 27.48 and 421.6, respectively. The enzyme showed pro-S stereospecificity for hydrogen transfer at the C4 position of the nicotinamide moiety of coenzyme. The gene encoding valine dehydrogenase was cloned into Escherichia coli (Novablue), and the primary structure of the enzyme was deduced on the basis of the nucleotide sequence of the gene encoding the enzyme. The enzyme contains 370 amino-acid residues, and is highly homologous with S. coelicolor ValDH (identity, 46.7%) and S. fradiae ValDH (43.1%). Cytophaga sp. KUC-1 ValDH contains much lower numbers of proline and arginine residues than those of other ValDHs. The changes probably lead to an increase in conformational flexibility of the Cytophaga enzyme molecule to enhance the catalytic activity at low temperatures.

    DOI: 10.1046/j.1432-1327.2001.02353.x

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MISC

  • 抗生物質resormycin生合成遺伝子群に見出したPhenylalanine水酸化酵素の機能解析

    岸千紘, 山中一也, 五十嵐雅之, 濱野吉十, 丸山千登勢

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2022   2022年

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  • 抗生物質resormycin生合成遺伝子群に見出したPhenylalanine水酸化酵素の機能解析

    岸千紘, 丸山千登勢, 山中一也, 五十嵐雅之, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   35th (CD-ROM)   2021年

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  • 放線菌Streptomyces albulusにおけるL-lysine生合成経路の転写解析

    長谷部文人, 足立和也, 山中一也, 老川典夫, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   35th (CD-ROM)   2021年

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  • 抗生物質resormycin生合成遺伝子群に見出したPhenylalanine水酸化酵素の機能解析

    岸千紘, 丸山千登勢, 山中一也, 五十嵐雅之, 濱野吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   73rd   2021年

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  • ε-poly-L-lysine生産放線菌Streptomyces albulusにおけるプロテアソーム遺伝子破壊株の造成と形態分化や二次代謝に与える影響の解析

    美馬未紗希, 老川典夫, 山中一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   73rd   2021年

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  • 大腸菌由来D-システインデスルフィドラーゼ:高発現系および変異型酵素の構築とD-システイン定量への応用

    長光佑介, 山中一也, 山中一也, 老川典夫, 老川典夫, 老川典夫

    日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集   514th   2021年

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  • 放線菌Streptomyces celluloflavusにおけるpoly-L-diaminobutyric acid生合成機構の解析

    山中一也, 轟万悦子, 竹原宗範, 濱野吉十, 老川典夫

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2020   2020年

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  • 乳酸菌Leuconostoc mesenteroides LK-151のセレノシステインβ-リアーゼ:酵素科学的性質と触媒機能発現機構の解明

    岡島浩平, 山中一也, 山中一也, 加藤志郎, 加藤志郎, 老川典夫, 老川典夫, 老川典夫

    日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集   512th   2020年

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  • 抗生物質resormycin生合成遺伝子群の同定および機能解析

    茅根千湖, 山中一也, 五十嵐雅之, 濱野吉十, 丸山千登勢

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2020   2020年

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  • 生合成工学における有用生体機能分子の次世代創製技術 機能未知及び潜在的二次代謝遺伝子資源からの生理活性分子生産を実現するTAR Cloning

    山中 一也, 老川 典夫, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   2019年   245 - 245   2019年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生物工学会  

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  • 放線菌Streptoalloteichus hindustanusに見出した新規PLP非依存型Diaminobutyric acidラセマーゼの機能解析

    尾崎 僚, 福本 響, 濱野 吉十, 老川 典夫, 山中 一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   2019年   261 - 261   2019年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生物工学会  

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  • ポリ-D-ジアミノブタン酸生産放線菌Streptoalloteichus hindustanusに見出した新規D-ペプチド分解酵素の同定

    宮脇 大輝, 福本 響, 濱野 吉十, 老川 典夫, 山中 一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   2019年   261 - 261   2019年8月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:(公社)日本生物工学会  

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  • 結晶構造に基づくε-ポリリジン合成酵素アデニル化ドメインの基質認識機構の解明

    岡本貴樹, 黒木裕香, 山中一也, 濱野吉十, 永野真吾, 日野智也

    日本細胞生物学会大会(Web)   71st   2019年

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  • 抗生物質resormycinの生合成遺伝子群の同定および機能解析

    茅根千湖, 山中一也, 五十嵐雅之, 濱野吉十, 丸山千登勢

    日本放線菌学会大会講演要旨集   34th   2019年

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  • 放線菌Streptomyces albulusの全ゲノム及び網羅的遺伝子発現解析により見出した新奇ペプチド合成酵素遺伝子群の機能解析

    友杉玲那, 藤田彩香, 宮本昂, 濱野吉十, 老川典夫, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2019   2019年

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  • 放線菌Streptoalloteichus hindustanusが生産する新規カチオン性ホモポリアミノ酸の構造決定及びその抗菌活性評価

    福本響, 戸口梨那, 荒川賢治, 濱野吉十, 老川典夫, 老川典夫, 山中一也, 山中一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   71st   2019年

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  • Lactobacillus sakei LK-145のアスパラギナーゼホモログ遺伝子の大腸菌を宿主とする高発現系の構築と遺伝子産物の機能解析

    田村和也, 山中一也, 老川典夫

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2019   2019年

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  • ε-poly-L-lysine合成酵素ホモログにおける基質特異性予測手法の確立と新規生理活性ホモポリアミノ酸探索への応用

    木村ほのか, 福本響, 濱野吉十, 老川典夫, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2019   2019年

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  • T7プロモーター駆動型マルトース結合タンパク質(MBP)融合タンパク質発現系を用いたシロイヌナズナ由来ホモシステインS-メチルトランスフェラーゼ3の発現と酵素科学的特性解明

    山中 一也, 老川 典夫

    関西大学先端科学技術シンポジウム講演集   22   215 - 217   2018年1月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • Poly-D-diaminobutyric acid生産放線菌Streptoalloteichus hindustanusからのD-ペプチド分解酵素の探索

    宮脇大輝, 福本響, 濱野吉十, 老川典夫, 老川典夫, 山中一也, 山中一也

    日本放線菌学会大会講演要旨集   33rd   2018年

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  • 抗菌性ホモポリアミノ酸Poly-D-diaminobutyric acid生合成に関与する新規PLP非依存型Diaminobutyric acidラセマーゼのクローニング

    尾崎僚, 福本響, 濱野吉十, 老川典夫, 老川典夫, 山中一也, 山中一也

    日本放線菌学会大会講演要旨集   33rd   2018年

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  • 黒酢醪由来D-アミノ酸高生産乳酸菌Pediococcus pentosaceus KTCC12のD-セリンデヒドラターゼの機能解析

    岩田音々, 山中一也, 山中一也, 山中一也, 老川典夫, 老川典夫, 老川典夫

    日本農芸化学会関西支部講演会講演要旨集   502nd   2018年

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  • 膜貫通型NRPSであるポリリジン合成酵素のアデニル化ドメインの精製と結晶化

    日野智也, 黒木裕香, 山中一也, 濱野吉十, 永野真吾

    日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集   18th   2018年

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  • 乳酸菌Leuconostoc mesenteroides LK-151のセレン耐性能の評価とセレノシステインβ-リアーゼホモログの機能解析

    岡島浩平, 大塚政志, 細見亮太, 細見亮太, 細見亮太, 吉田宗弘, 吉田宗弘, 吉田宗弘, 山中一也, 山中一也, 山中一也, 老川典夫, 老川典夫, 老川典夫

    日本微量栄養素学会学術集会講演要旨集   35th   2018年

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  • 直鎖状ホモポリアミノ酸を合成する膜結合型NRPS様ペプチド合成酵素

    山中一也, 老川典夫, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2018   2018年

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  • ゲノムマイニングにより見出した新規ホモポリアミノ酸の構造及びその生合成機構の解析

    福本響, 濱野吉十, 老川典夫, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2018   2018年

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  • ε-ポリリジン合成酵素のアデニル化ドメインのX線結晶構造解析

    岡本貴樹, 黒木裕香, 山中一也, 濱野吉十, 永野真吾, 日野智也

    日本結晶学会年会講演要旨集   2018   2018年

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  • 次世代ベンチトップ型シーケンサーによるゲノム・エピゲノム解析に基づく統合的健康生命研究 (特集 プロジェクト研究報告概要集) -- (私立大学戦略的研究基盤形成支援事業プロジェクト)

    老川 典夫, 細見 亮太, 下家 浩二, 松村 吉信, 吉田 宗弘, 山中 一也, 丸岡 弘規

    技苑 = Innovative technology world   ( 146 )   33 - 42   2018年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • 次世代ベンチトップ型シーケンサーによるゲノム・エピゲノム解析に基づく統合的健康生命研究 (特集 プロジェクト研究報告概要集) -- (私立大学戦略的研究基盤形成支援事業プロジェクト)

    老川 典夫, 細見 亮太, 下家 浩二, 松村 吉信, 吉田 宗弘, 山中 一也

    技苑 = Innovative technology world   ( 144 )   43 - 51   2017年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • epsilon-Poly-L-lysine合成酵素(Pls)におけるタンデム縮合ドメインの機能解析

    阿部修平, 吉村友宏, 老川典夫, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2017   2017年

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  • シロイヌナズナ由来ホモシステインS-メチルトランスフェラーゼ3遺伝子の大腸菌での高発現系の構築とin vitroでの機能解析

    寺田俊輝, 山中一也, 吉田宗弘, 老川典夫, 山中一也, 吉田宗弘, 老川典夫

    日本微量栄養素学会学術集会講演要旨集   34th   2017年

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  • ε-Poly-L-lysine合成酵素(Pls)におけるタンデム縮合ドメインの機能解析

    阿部修平, 老川典夫, 山中一也

    日本放線菌学会大会講演要旨集   32nd   2017年

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  • ゲノムマイニングによるε-PL類縁ホモポリアミノ酸の探索とpoly-D-2,4-diaminobutyric acidの発見

    福本響, 老川典夫, 山中一也

    日本放線菌学会大会講演要旨集   32nd   2017年

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  • D-アミノ酸高生産乳酸菌Lactobacillus casei M10-8由来新奇二機能グルタミン酸ラセマーゼのC末端側ドメインの機能解析

    宮本将崇, 花岡真弓, 山中一也, 山中一也, 老川典夫, 老川典夫

    日本生化学会大会(Web)   90th   2017年

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  • 微生物二次代謝産物生合成研究をアシストする高効率TAR直接クローニング法の開発

    安田真央, 老川典夫, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2017   2017年

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  • シロイヌナズナ由来selenocysteine Se-methyltransferaseホモログのin vivo及びin vitro機能解析に向けた異種発現系の構築

    山中 一也, 老川 典夫

    関西大学先端科学技術シンポジウム講演集   20   158 - 160   2016年1月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • 未開拓微生物、遺伝子、及び化合物資源の掘り起こしが切り開くポストゲノム時代の天然物創薬

    山中 一也, 住吉 孝明, 山崎 思乃

    関西大学先端科学技術シンポジウム講演集   20   81 - 84   2016年1月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • ATP高生産放線菌Streptomyces albulusを宿主とした高分子量ヒアルロン酸及び5-アミノレブリン酸の効率的異種生産

    吉村友宏, 柴田展行, 濱野吉十, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2016   2016年

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  • ATP依存的に生合成される各種化合物群の効率的生産を実現する放線菌宿主-ベクター系の構築

    吉村友宏, 柴田展行, 濱野吉十, 山中一也

    日本農芸化学会大会講演要旨集(Web)   2016   2016年

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  • 次世代ベンチトップ型シーケンサーによるゲノム・エピゲノム解析に基づく統合的健康生命研究 (特集 プロジェクト研究報告概要集) -- (私立大学戦略的研究基盤形成支援事業プロジェクト)

    老川 典夫, 細見 亮太, 下家 浩二, 松村 吉信, 吉田 宗弘, 山中 一也, 木村 博信, 丸岡 弘規

    技苑 = Innovative technology world   ( 142 )   55 - 64   2016年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:関西大学先端科学技術推進機構  

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  • 2P-002 ポリリジン生産放線菌Streptomyces albulus を宿主とした高分子量ヒアルロン酸及び5-アミノレブリン酸の異種生産(遺伝子工学,一般講演)

    吉村 友宏, 柴田 展行, 濱野 吉十, 山中 一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   67   175 - 175   2015年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 2P-001 ポリリジン生産放線菌Streptomyces albulus を宿主とした有用物質異種生産システムの開発(遺伝子工学,一般講演)

    吉村 友宏, 柴田 展行, 濱野 吉十, 山中 一也

    日本生物工学会大会講演要旨集   67   175 - 175   2015年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 2Bp11 epsilon-Poly-L-lysine (epsilon-PL)合成酵素における鎖長制御機構の変異解析(バイオマス・資源・エネルギー工学/生合成・天然物化学,一般講演)

    芋川 祐紀, 喜多 彰洋, 鬼頭 奈央子, 吉村 友宏, 山中 一也, 丸山 千登勢, 宇多川 隆, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   63   123 - 123   2011年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • ε-Poly-L-lysine(ε-PL)合成酵素における鎖長制御機構の解析

    喜多彰洋, 鬼頭奈央子, 芋川祐紀, 吉村友宏, 山中一也, 丸山千登勢, 宇多川隆, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2011   2011年

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  • ε-PL合成酵素(Pls)におけるペプチド鎖長制御機構の解析

    吉村友宏, 山中一也, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   25th   2010年

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  • ε-PL合成酵素(Pls)におけるペプチド鎖長制御機構の解析

    山中一也, 鬼頭奈央子, 喜多彰洋, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2010   2010年

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  • 組換えPls大量発現系の確立

    喜多彰洋, 丸山千登勢, 鬼頭奈央子, 山中一也, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2010   2010年

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  • ε-Poly-L-lysine(ε-PL)合成酵素の変異解析

    鬼頭奈央子, 山中一也, 喜多彰洋, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2010   2010年

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  • 2P-2130 ε-PL合成酵素(Pls)におけるペプチド鎖長制御機構の解析(11b 生合成,天然物化学,一般演題,生体関連化学,伝統の技と先端科学技術の融合)

    吉村 友宏, 山中 一也, 丸山 千登勢, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   22   143 - 143   2010年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • ε-PL合成酵素(Pls)におけるペプチド鎖長制御機構の解析

    吉村友宏, 山中一也, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   62nd   2010年

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  • アミノ酸ホモポリマーを合成する新たなペプチド合成酵素

    濱野 吉十, 山中 一也, 丸山 千登勢

    蛋白質核酸酵素   54 ( 11 )   1382 - 1388   2009年9月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:共立出版  

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  • ホモポリアミノ酸合成酵素とバイオプラスチックの開発 (2009年新技術年鑑)

    山中 一也

    ジェティ   57 ( 7 )   19 - 21   2009年6月

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:ジェティ  

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  • ε-poly-L-lysineを合成する新奇ペプチド合成酵素

    山中 一也

    野口研究所時報   ( 52 )   40 - 44   2009年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:野口研究所  

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  • ε-Poly-L-lysine分解酵素遺伝子の同定および機能解析

    山中一也, 鬼頭奈央子, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   24th   2009年

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  • epsilon-Poly-L-lysine生合成における分解酵素の生理機能

    山中一也, 鬼頭奈央子, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2009   2009年

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  • 2Mp25 ポリアミド系バイオプラスチックの新ツールepsilon-Poly-L-lysine合成酵素の変異解析(生合成・天然物化学,一般講演)

    鬼頭 奈央子, 山中 一也, 喜多 彰洋, 丸山 千登勢, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   21   194 - 194   2009年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 放線菌Saccharopolyspora erythraeaにおけるε-Poly-L-lysine合成酵素ホモログの機能解析

    鬼頭奈央子, 山中一也, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2009   2009年

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  • アミノ酸のホモポリマー化を触媒する新規ペプチド合成酵素:新規ホモポリアミノ酸合成への挑戦

    山中一也, 丸山千登勢, 高木博史, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2009   2009年

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  • 組換えε-poly-L-lysine合成酵素(膜酵素)の発現系と簡易精製法の確立

    山中一也, 喜多彰洋, 鬼頭奈央子, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   24th   2009年

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  • ε-Poly-L-lysine合成酵素の変異解析

    鬼頭奈央子, 山中一也, 丸山千登勢, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   24th   2009年

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  • 抗菌性ホモポリアミノ酸ε-Poly-L-lysine生合成酵素の精製,クローニング及び機能解析

    山中一也, 丸山千登勢, 高木博史, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   23rd   2008年

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  • 1S1p04 アミノ酸ホモポリマーepsilon-Poly-L-lysineを合成する新奇非リボソームペプチド合成酵素(新産業創出に挑むキィーエンザイムの顔ぶれ,シンポジウム)

    山中 一也, 丸山 千登勢, 高木 博史, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   20   4 - 4   2008年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 1Ip08 Streptomyces albulusにおけるepsilon-Poly-L-lysine分解酵素遺伝子の同定(生合成・天然物化学,有機化学・高分子化学,一般講演)

    山中 一也, 鬼頭 奈央子, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   20   206 - 206   2008年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 1Ip07 放線菌Saccharopolyspora erythraeaにおけるepsilon-Poly-L-lysine合成酵素ホモログの機能解析(生合成・天然物化学,有機化学・高分子化学,一般講演)

    鬼頭 奈央子, 山中 一也, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   20   206 - 206   2008年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 放線菌Saccharopolyspora erythraeaにおけるε-Poly-L-lysine合成酵素ホモログの機能解析

    鬼頭奈央子, 山中一也, 濱野吉十

    日本放線菌学会大会講演要旨集   23rd   2008年

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  • Streptomyces albulusにおけるepsilon-Poly-L-lysine分解酵素遺伝子の同定

    山中一也, 鬼頭奈央子, 濱野吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   60th   2008年

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  • アミノ酸ホモポリマーepsilon-Poly-L-lysineを生合成する新奇非リボソームペプチド合成酵素

    山中一也, 丸山千登勢, 高木博史, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2008   2008年

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  • 22 ホモポリアミノ酸ε-Poly-L-lysineを合成する新奇非リボソームペプチド合成酵素(口頭発表の部)

    山中 一也, 丸山 千登勢, 高木 博史, 濱野 吉十

    天然有機化合物討論会講演要旨集   50 ( 0 )   155 - 160   2008年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:天然有機化合物討論会実行委員会  

    Only two different amino-acid "homopolymers" comprised of a single type of amino acid are known in nature: γ-poly-glutamic acid (γ-PGA) and ε-poly-L-lysine (ε-PL). ε-PL consisting of 25-35 L-lysine residues in isopeptide linkages has shown promise in medical and industrial applications. Elucidating the biosynthetic mechanism of ε-PL should open new avenues for creating novel classes of biopolymers. Here we report on the purification of an ε-PL synthase (Pls; 130kDa) and the cloning of its gene from an ε-PL-producing strain of Streptowyces albulus. Pls was found to be a membrane protein with six transmembrane domains. It was shown to be a single-module nonribosomal peptide synthase (NRPS) with traditional adenylation (A-domain) and thiolation domains (T-domain) in its amino (N)-terminal region. It had no traditional condensation or thioesterase domain; instead, it had three tandem carboxy (C)-terminal acyltransferase domains that catalysed L-lysine polymerization iteratively, yielding chains of diverse length (3-mer to 17-mer) in vitro. Furthermore, these domains catalysed the condensation of free L-lysine monomers (or ε-PL oligomers) as acceptors with enzyme-bound L-lysine as a donor; hence, L-lysine activated by the A-domain and T-domain was used only as an extender unit. A database search showed that Pls homologues were widely distributed among microorganisms and that amino-acid homopolymers, in addition to ε-PL and γ-PGA, might occur in nature.

    DOI: 10.24496/tennenyuki.50.0_155

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  • 放線菌Saccharopolyspora erythraeaにおけるepsilon-Poly-L-lysine合成酵素ホモログの機能解析

    鬼頭奈央子, 山中一也, 濱野吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   60th   2008年

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  • 抗菌性ポリアミノ酸ε-Poly-L-lysine(ε-PL)生合成酵素の精製及びその酵素学的諸性質

    山中一也, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2008   2008年

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  • 抗菌性ポリアミノ酸ε-Poly-L-lysine(ε-PL)の生合成遺伝子のクローニングおよびその機能解析

    山中一也, 丸山千登勢, 高木博史, 濱野吉十

    日本農芸化学会大会講演要旨集   2008   2008年

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  • 1G12-2 抗菌性ポリアミノ酸epsilon-Poly-L-lysine(epsilon-PL)の生合成遺伝子のクローニング(生合成・天然物化学,一般講演)

    濱野 吉十, 山中 一也, 丸山 千登勢

    日本生物工学会大会講演要旨集   19   156 - 156   2007年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • 1G12-1 抗菌性ポリアミノ酸epsilon-Poly-L-lysine(epsilon-PL)生合成酵素の精製及び酵素学的諸性質とin vitro合成(生合成・天然物化学,一般講演)

    山中 一也, 濱野 吉十

    日本生物工学会大会講演要旨集   19   156 - 156   2007年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:日本生物工学会  

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  • ε-ポリリジンの遺伝子導入剤としての評価

    宇野篤, 長崎健, 平木純, 西田守, 山中一也

    Drug Delivery System   20 ( 3 )   2005年

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  • ポリリジンに対する各種食中毒菌の耐性化

    唐木真理, 前田拓也, 高麗寛紀, 山中一也, 西田守, 福士英明

    日本防菌防黴学会年次大会要旨集   32nd   2005年

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  • ポリリジンの抗菌メカニズムの解明

    唐木真理, 前田拓也, 高麗寛紀, 山中一也, 西田守, 福士英明

    日本防菌防黴学会年次大会要旨集   31st   2004年

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  • 低温菌,Chytophaga sp.P1のアルデヒドデヒドロゲナーゼ 一次構造と高発現系の構築

    福井結子, 数岡孝幸, 山中一也, 老川典夫, 左右田健次

    日本農芸化学会誌   75   2001年

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  • 低温菌Cytophaga sp.P1の好冷性バリンデヒドロゲナーゼ 好冷性と構造

    山中一也, 老川典夫, 左右田健次

    日本農芸化学会誌   75   2001年

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  • 好冷菌Cytophaga sp.P1のL-グルタミン酸脱水素酵素 酵素科学的特性とクローニング

    神沢範行, 老川典夫, 山中一也, 左右田健次

    日本農芸化学会誌   75   2001年

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  • 低温菌Sphingobacterium spiritivorum P1のアルデヒドデヒドロゲナーゼ クローニングと一次構造

    福井結子, 山中一也, 数岡孝幸, 老川典夫, 左右田健次

    生化学   72 ( 8 )   2000年

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  • 低温菌Sphingobacterium spiritivorum P1の好冷性バリンデヒドロゲナーゼ 好冷性と一次構造の関係

    山中一也, 老川典夫, 左右田健次

    生化学   72 ( 8 )   2000年

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  • 1. 低温菌Sphingobacterium spiriitivorum P1のバリンデヒドロゲナーゼ

    左右田 健次, 老川 典夫, 山中 一也

    ビタミン   74 ( 5 )   323 - 323   2000年

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    記述言語:日本語   出版者・発行元:公益社団法人 日本ビタミン学会  

    DOI: 10.20632/vso.74.5-6_323

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  • 低温菌Sphingobacterium spiritivorum P1のL-グルタミン酸デヒドロゲナーゼ 酵素科学的特性

    老川典夫, 山本享一, 山中一也, 左右田健次

    生化学   72 ( 8 )   2000年

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講演・口頭発表等

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産業財産権

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受賞

  • 奨励賞(口頭発表の部)

    2008年10月   天然有機化合物討論会実行委員会  

    山中 一也

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共同研究・競争的資金等の研究課題

  • 新規D-ペプチド分解酵素の同定とその酵素科学的諸性質の解明

    研究課題/領域番号:19K06551  2019年4月 - 2022年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

    山中 一也

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    配分額:4290000円 ( 直接経費:3300000円 、 間接経費:990000円 )

    本研究では、放線菌Streptoalloteichus hindustanusに見出した天然酵素としては初の例となるD-アミノ酸のみから構成されるペプチド(D-ペプチド)分解酵素の同定と、その酵素学的諸性質の解明を目指した。候補遺伝子の異種放線菌への導入実験を通して、D-ペプチド分解酵素の実態が細胞膜結合型のβ-ラクタマーゼ様セリンプロテアーゼ(Dpd)であることを明らかにした。この酵素は難発現性であったため機能解析は難航したが、そのホモログ酵素の機能解析を通して、Dpdがエキソ型のペプチダーゼであること、鎖長の長いD-ペプチドを特異的に分解することなど、その酵素学的諸性質を明らかにした。

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  • 膜透過性・水溶性の一挙改善を志向した新規機能性低分子の生合成リデザイン

    研究課題/領域番号:16H06445  2016年6月 - 2021年3月

    日本学術振興会  科学研究費助成事業 新学術領域研究(研究領域提案型)  新学術領域研究(研究領域提案型)

    濱野 吉十, 山中 一也, 丸山 千登勢

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    配分額:72020000円 ( 直接経費:55400000円 、 間接経費:16620000円 )

    ポリカチオン性化合物は、高極性でありながら高い生体膜透過性も併せ持つことが知られている。そこで本研究では、「①生体膜透過性・水溶性に問題がある既存薬物」、「②微生物未利用遺伝子から創出する新規機能性低分子」の2種の低分子化合物について、ポリカチオン化修飾による生体膜透過性と水溶性の一挙改善を目指す。本研究の目的達成のために、研究項目Aとして「ポリリジン不飽和アルコールエステルによる機能性低分子のポリカチオン化修飾」、研究項目Bとして「微生物ゲノムマイニングによる新規ポリカチオン化合物の探索および新規機能性低分子の創製」、研究項目Cとして「ポリカチオン化機能低分子の細胞膜透過性および機能発現評価」、計3つの研究項目を計画した。
    平成28年度は、クリック官能基化ポリαリジンとしてε-PL-PEG4-アジドを用い、蛍光色素(FAM)のポリカチオン修飾法を確立した(研究項目A)。さらに、ポリカチオン修飾したFAMの細胞膜透過性に必須である動物細胞培養の実験系を立ち上げた(研究項目C)。HeLa細胞にて、ポリカチオン修飾したFAMの細胞膜透過性について評価したところ、期待度折り高い生体膜透過性を観察し、さらに、水難溶性のFAMを水溶性に変換できたことから、ポリカチオン修飾による生体膜透過性と水溶性の一挙改善が可能であることを示した(研究項目C)。ポリカチオン修飾する機能性低分子としては、既存薬物以外に、微生物未利用遺伝子から創出する新規機能性低分子をターゲットにしている。そこで、本研究に必須な技術であるin vivoクローニングを基盤とした異種発現システムの構築を行った(研究項目B)。さらに、物理化学的な生体膜透過性の評価法を確立するために、電気分析法の検証を開始した(研究項目C)。

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